Por otra parte, algunos movimientos de izquierda que conformaron el FMLN, en especial, el Partido Comunista Salvadoreño, mantenían relaciones de cooperación con la URSS, los países del bloque socialista de Europa del Este, Cuba y Nicaragua aunque su intervención en el conflicto fue de forma ideológica, únicamente Nicaragua dio apoyo al FMLN, brindándoles armamento hasta 1982.
Aunque, El Salvador fue víctima de la Guerra Fría, solo uno de los contendientes de esta, dio apoyo formal en la Guerra Civil.
Hacia 1979, la violencia entre el gobierno derechista y la oposición izquierdista degeneró en una guerra civil. La izquierda se organizó en la agrupación que buscaba recoger el testimonio de Farabundo Martí, el denominado Frente Farabundo Martí para la Liberación Nacional, liderado por Schafik Handal, Salvador Cayetano Carpio y Joaquín Villalobos, con apoyo de los sectores campesinos organizados en las zonas rurales y entre los sectores obreros urbanos. El 24 de marzo de 1980 el Arzobispo de San Salvador, Monseñor Óscar Arnulfo Romero, se presume, fue asesinado por Marino Samayor Acosta, bajo las órdenes de Roberto d'Aubuisson durante la celebración de una misa, en la capilla del hospital Divina Providencia. A medida que el conflicto avanzaba, la guerrilla obtuvo apoyo indirecto de Cuba, y el pleno respaldo y apoyo armamentistico del régimen sandinista de Nicaragua, una vez en el poder, tras el derrocamiento de la dictadura somocista de Anastasio Somoza Debayle el 19 de julio de 1979 por la guerrilla marxista del Frente Sandinista de Liberación Nacional . El Ejército Popular Sandinista de ese país apoyó al FMLN enviándole armas de origen soviético, tales como los fusiles de asalto AK-47 y ametralladoras ligeras RPK, ambos de calibre 7,62 x 39 mm; las ametralladoras PKM de 7,62 x 54 R y los lanzacohetes antitanque RPG-7 a través del Golfo de Fonseca, pero tras las acusaciones de Estados Unidos de este apoyo ante la ONU, Nicaragua dejó de mandar ayuda en 1982. Se atribuyó la insurrección, la Ofensiva general de 1981 a inicios del mes de enero del mismo año, a una conspiración soviético-cubano-nicaragüense y el 23 de febrero se dio a conocer un documento elaborado por la Agencia Central de Inteligencia demostrando el envío de armas a los guerrilleros salvadoreños desde Nicaragua. Muchos sandinistas dejaron sus hogares y se fueron a El Salvador a combatir del lado del FMLN.
El gobierno, por su parte, movilizó al ejército y a la policía a fin de combatir a la insurgencia. Con apoyo del gobierno norteamericano, se estableció los Batallones de Infantería de Reacción Inmediata, entre estas unidades de élite, el denominado Batallón Atlacatl. El gobierno de Estados Unidos envió al ejército salvadoreño, la Fuerza Armada de El Salvador, fusiles de asalto M16 de 5,56 x 45 mm, que fue el más usado por la FAES; algunas unidades de esta usaron los fusiles de asalto Heckler & Koch G3 alemán, de 7,62 x 51 mm, IMI Galil israelí de la misma munición del M16 y el subfusil Uzi israelí de 9 mm. La FAES tenía varios helicópteros Huey y Md 500 de defensa estadounidenses artillados, como los usados en la Guerra de Vietnam, con los cuales patrullaban desde el aire las calles de la capital para descubrir a los subversivos, término despectivo con el cual se le decía a los guerrilleros. Se implantó el toque de queda a las 7 de la noche y el reclutamiento de menores de edad en la FAES aunque también hubo menores que lucharon en el FMLN.
En dos oportunidades el FMLN intentó conquistar la ciudad capital, San Salvador, y las cabeceras departamentales sin conseguirlo, pues la FAES rechazó el ataque de los guerrilleros que bajaron de las montañas que rodean a la capital; en la última de las cuales la lucha llegó hasta pocas cuadras de la Casa Presidencial, ademàs, que tuvieron consecuencias políticas que resultaron en un alto al fuego negociado. Cuando el Presidente de Estados Unidos Ronald Reagan tomó posesión del poder el 20 de enero de 1981 presentó esa ofensiva, iniciada 3 semanas antes, como una prueba del avance soviético en Latinoamérica. Los gobiernos de México y Francia reconocieron al FMLN como una fuerza beligerante legítima.En tanto, grupos de militares y policías al margen de la ley, con apoyo de empresarios y terratenientes, crearon los llamados Escuadrones de la Muerte, que se dedicaban a aterrorizar las zonas rurales y paupérrimas, de donde el FMLN obtenía su mayor apoyo.
